Hitler 1941. április 25-én írta alá a 28. sz. direktívát a "Merkur"-hadművelet végrehajtására. A Kréta szigetének birtokbavételét légideszant alkalmazásával tervezték. A hadműveleti feladat ilyen megoldási módja azzal magyarázható, hogy az anyaországi és a szigeteken létesített német légi támaszpontok, valamint Kréta között mindössze 120-240 km távolság volt. Ez nem haladta meg a német repülőgépek hatósugarát, és a német légierő szinte kizárólagos légi fölénnyel rendelkezett Görögország partvidékének és Kréta szigetének térségében. A "Merkur"-hadművelet a második világháború egyik legnagyobb légideszant hadművelete volt. 2 hadosztály - a 7. légideszant (15 ezer ejtőernyős-lövész) és az 5. hegyivadász (8500 hegyivadász) vett részt benne.
A deszantokat 550 db Ju-52 szállító repülőgép és 60 db teherszállító vitorlázógép juttatta el a szigetre. Légi oltalmazásukat és támogatásukat a 8. repülőhadtest 430 bombázó- és 180 vadászrepülőgépe biztosította. A hadműveleti tervnek megfelelően a szigeten előrevetett légideszantok alkalmazásával három repülőteret kellett birtokba venni, hogy azután biztosíthassák a főerők akadálytalan leszállítását. Úgy tervezték, hogy a csapatok deszantolásával egyidőben biztosítják a nehézfegyverek és harckocsik tengeri utánszállítását. Feltételezték, hogy a német egységeknek a sziget keleti partján folytatott tevékenységét egy olasz tengeri deszant is támogatni fogja.
A krétai angol helyőrség kb. 30 ezer főt számlált, zömében a Görögországból evakuált expedíciós hadtest állományából. Ezenkívül mintegy 14 ezer görög katona volt a szigeten. Kréta védelmét az angol haditengerészeti flottának a szigettől északra felvonult hadihajói támogatták. A helyőrség újzélandi parancsnoka, B. Freiberg tábornok négy védelmi szektorban helyezte el erőit, tartalékában pedig egy gyalogosdandárt hagyott. A rossz útviszonyok és a kevés szállítóeszköz miatt rendkívül nehéz feladatnak bizonyult az egyes szektorok közötti együttműködés fenntartása. Ennélfogva a későbbiek során a tartalék dandárt csak nagy nehézségek árán tudták alkalmazni. A "Merkur"-hadműveletet május 20-án kezdték meg az angol csapatok állásainak heves bombázásával és légideszantok leszállásával Maléme, Rethymné és Hérakleion repülőtereinek körzetében. A két lépcsőben ledobott deszantegységek szívós ellenállásba ütköztek, és súlyos veszteségeket szenvedtek. A német ejtőernyősöknek nagy veszteségek árán csupán Maléme és Chania város körzetében sikerült megkapaszkodniuk. Erre sem került volna azonban sor, ha Freiberg tábornok időben átcsoportosította volna tartalék dandárát. A sikert kihasználva, a német hadvezetés Maléme és Chania körzetében összpontosította erőfeszítéseit, így sikerült a repülőtereket birtokba vennie. Egy nap alatt ide dobták át szállító repülőgépeken a német hegyivadász-hadosztály egységeit.
Május 21-én hajnalban Mélosz szigetéről csöndes járatú hajókon (2 gőzösön, 1 jachton s mintegy 10 kis halászhajón) német deszantosztag indult meg két olasz torpedónaszád oltalmazásával. Miután az angol légi felderítés felfedezte az osztagot, 3 cirkáló és 4 torpedóromboló indult ellene, s a Krétához vezető útvonalakon megsemmisítette a deszantot. A német deszantosztag több mint 1500 katonát és tisztet, több harckocsit és más nehézfegyverzetet veszített. Május 22-én az angol cirkálók megtámadtak egy másik német deszantosztagot (38 szállítóhajót, fedélzetükön 4 ezer katonával). Két hajót elsüllyesztettek, a többi visszatért a görög támaszpontokra. Csak az erős légi oltalmazás mentette meg ezt az osztagot a teljes megsemmisüléstől. A német vezetésnek tehát nem sikerült Kréta szigetén tengeri deszantokat partra tennie.
Május 23-án a német légierő csapásaitól súlyos károkat szenvedett angol hadihajók kénytelenek voltak beszüntetni Kréta körzetének ellenőrzését, és elhagyni a krétai vizeket. Ugyanakkor Maléme és Chania körzetében folytatódtak az elkeseredett harcok. Május 25-én estére a német csapatok a Suda-öbölhöz szorították vissza az angol egységeket. Freiberg tábornok a helyzetet kilátástalannak ítélte. Az angol egységek megkezdték a visszavonulást a Suda-öbölből Kréta déli partvidékére, Szfakia kikötőjébe, ahol május 29-én hajnalban megkezdődött, és 31-éig tartott az evakuálásuk. Tengeri úton szállították el a Hérakleion körzetében levő erőket is. A Rethymné körzetében védő angol és görög egységeket sorsukra hagyták.
Május 31-én a német csapatok elfoglalták Kréta szigetét, s június 1-én reggel foglyul ejtették az angol katonák utolsó csoportját is. Kréta szigetről csupán az angol erők felét, kb. 15 ezer embert sikerült elszállítani. Több mint 12 ezren fogságba kerültek, és mintegy 4 ezren elestek. Nagy veszteségeket szenvedett az angol flotta: elsüllyesztették 4 cirkálóját és 6 torpedónaszádját, 3 sorhajója, 1 repülőgép-anyahajója, 3 cirkálója és 8 torpedónaszádja pedig megrongálódott.
Jelentősek voltak a német csapatok veszteségei is: mintegy 4 ezer emberük esett el és tűnt el nyomtalanul, több mint 2500 pedig megsebesült.
